生物有機肥：是指特定功能微生物與主要以動植物殘體為來源并經無害化處理、腐熟發酵的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。執行標準為：
其特定功能微生物指：
1.能利用土壤中有機質為碳源、空氣中二氧化氮為氮素，大量生長繁殖的固氮菌；
2.能分解固結在土壤或土壤母質中磷、鉀元素的解磷菌與解鉀菌；
3.能夠拮抗土傳病原菌生長、繁殖的有益菌。
原理：生物有機肥一般每克含特定量功能微生物，施入土壤后，在地溫達25～35℃、PH值5.5～8.5、土壤持水量50～70%、無殺菌劑殘留的適宜條件下，其固氮菌、解磷菌、解鉀菌、抗病菌約20分鐘繁殖一代，呈幾何級數增長。每一個有益菌就是一個肥源庫，難以計數的有益菌的生長繁殖等于將肥料生產廠搬到了地下，源源不斷地生產出氮、磷、鉀及微量元素，供植物吸收利用，達到提高作物產量、品質；改土壤，加深耕作層；減少病蟲害發生的目的。
生物有機肥注意事項
1、土壤酸堿度以PH值5.5～8.5時肥效較好，酸堿度過低、過高要調整PH值后再施用。
2、不能與殺菌劑、生理酸性、生理堿性肥料同時使用，
3、打開包裝后，不要久放，較好一次用完，以免降低肥效。
4、土壤干旱要及時灌水，土壤有機質含量太低（＜3%）施用量要加倍。
5、肥料存放在避光、避雨處。
6、與化肥混施，要現配現用，并與土充分拌勻。
7，根據土壤墑情施用菌肥的較佳溫度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果較差。同時還應掌握固氮菌適宜的土壤濕度為60%左右，即見干見濕的土壤濕度較為適宜。
有機物污染主要是有機農藥，大多為一些鹵代芳烴，難降解的是一些氯化烴殺蟲劑。土壤中的一些微生物則具有降解這些有機農藥的功能。一些微生物可以把非芳環碳上的氯原子以氫原于取代，具有這種還原脫氯功能的微生物有酵母、普通變形菌、粘質沙雷氏菌等。生物有機肥廠家推薦，快速的改土壤結塊現象，土壤變得松軟，透氣性和保水性更加好。同時也能提高肥料的利用率。
